Vendría bien aprovechar que el nombre de cada ciudad ya es parte la variable. En una primera instancia, podemos agregar "a mano" los espacios para el texto, para luego asignar el contenido a cada espacio agregado.
d3.selectAll('text') - Seleccionamos todos los "text" en el documento.
.data(ciudades) - Nuevamente vamos a buscar los datos de la variables ciudades.
.text(function(d) {return ". " + d.name;}); - Finalmente ponemos el cada "name" donde corresponda. En este caso agregamos un punto y espacio, que se concatenarán con ese "name".